截至2005年，河南省2100个乡镇，共有人员30.23万，而编制数却只有16.2万，超编十分严重。不少农民担心，免征农业税后，国家不向农民收钱了，干部还收不收？
为了巩固农村税费改革成果，自2005年9月起，河南推开大规模的乡镇机构改革，全省共撤并乡镇236个，分流人员17万余人。
从2005年起，河南在全省推开以“预算共编、账户统设、票据统管、集中收付”为核心内容的“乡财县管乡用”改革。通过实行“乡财县管”，强化乡镇收支管理监督，建立支出约束机制，将有限的财力优先用于保障乡镇最基本的支出需要上，在一定程度上堵住“乱进人、乱举债、乱花钱”的漏洞。
所谓“集中收付”就是将乡镇预算外资金全部纳入预算管理，财政收入纳入县国库。对属于清理清退范围的乡镇各类人员，不再供给经费。为了从源头上制止乡镇“乱收费”，河南还设置了“账户统设”“票据统管”两道“关卡”。在改革中，焦作市共清理乡镇账户401个，收缴印鉴526枚，清理票据23650本，乡镇只剩下结算户、支出户和村级资金专户，每个账户都在县财政局监控之下。焦作市财政局负责同志说，改革后，乡镇无法再乱收费，“一是没有票据，二是没了私设的存钱账户”。
河南省还采取措施加强省级财政对农村义务教育的保障能力。从今年起，河南将农村中小学预算内生均公用经费拨款标准提高一倍，增补部分由省财政支付。河南省财政厅副厅长杨舟说，河南省新增的教育、文化、卫生事业财政支出中，有73%被用在了农村。据了解，到去年底，河南省已有619.6万农村中小学生享受到“两免一补”的惠泽，占全省农村在校人数的42.6%，农村免费义务教育已渐行渐近。
