在国家863计划支持下，我国科研人员获得了一批农作物重要经济性状的分子标记，并应用于育种实践，建立了分子标记辅助育种与常规育种相结合的技术体系，提高了定向育种的效率和水平。
   
　　（1）在水稻、小麦等主要农作物重要性状分子标记及其在育种实践中的应用取得突破性进展，建立了较为完善的分子标记辅助选择育种技术体系。    
　　
　　水稻：对野生稻产量、耐冷、早熟等复杂性状的优异基因进行了系统发掘，已经获得与产量、芽期耐冷相关候选基因以及分子标记。利用分子标记技术有效转移了抗白叶枯病基因Xa21，育成R218、R8006、华恢2号等抗病恢复系；通过分子标记辅助选择，首次将稻瘟病抗性基因Pi-1、Pi-2和持久抗性基因Pi-GD-1（t）与Pi-GD-3（t），抗白叶枯病显性基因Xa-23、 Xa-21，分别聚合到两系光温敏核不育系和恢复系中，育成抗稻瘟病、白叶枯病双抗的材料，抗性水平提高3-5个等级。
   
　　小麦：对小麦体细胞杂种优质基因进行分子标记辅助育种研究，获得了类似小麦的优质高分子量麦谷蛋白新亚基1Bx13基因的分子标记，并已用于对体细胞杂种株系及杂交和回交后代的标记辅助育种，获得了优质、高产、抗病的新品系。获得了小麦优质亚基和糯基因的分子标记，构建了中国小麦品质性状数据库，并将分子标记用于亲本分类；运用RAPD、ISSR、AFLP和SSR等分子标记技术构建了小麦品种间和种间（亚种间）杂种优势群，建立了小麦杂种优势利用新模式。
    
　　玉米：完成了对我国90份核心玉米种质和250个国内常用自交系的分子标记指纹图谱分析，建立了干旱胁迫下抗旱、耐瘠群体改良技术体系；创建了利用控制双亲的混合选择法改良优质蛋白玉米群体的方法。
    
　　油菜：采用分子标记辅助选择技术对油菜抗菌核病、大粒、高含油量等重要性状进行DNA分子标记，并利用与上述性状紧密连锁的DNA分子标记进行抗病、高产、高含油量等性状的辅助选择，获得了双低特高含油量、高蛋白含量的高效油菜新材料，选育出抗（耐）菌核病恢复系7-5、RSH5900等以及显性细胞核雄性不育系1481AB等。
    
　　棉花：构建了陆陆杂交分子标记图谱，标记出与抗棉花黄萎病紧密连锁的QTLs；找到与纤维长度、比强度和马克隆值紧密连锁的QTLs；与棉花早熟性紧密连锁的QTLs为12个，3个对早熟性的贡献率达到30%以上，为棉花优质、多抗棉花新品种的聚合育种奠定了基础。
   
　　（2）在果菜类和一些重要杂粮类作物中，构建了一批具有应用价值的分离群体，获得了一批   重要经济性状的分子标记，并初步用于育种实践
    
　　建立了番茄、甜椒、茄子耐冷性、耐弱光的分子标记或生理指标鉴定技术；开展了黄瓜、辣椒、茄子、番茄、甜瓜抗病（霜霉病、炭疽病、黑星病、白粉病、枯萎病、病毒病、细菌性角斑病、疫病、青枯病、叶霉病、线虫病）、黄瓜全雌性、黄瓜性别分化、辣椒CMS不育与恢复基因、番茄高番茄红素、雄性不育ps-2基因、甜瓜雌雄异花同株、甜椒胞质雄性不育恢复基因的等重要性状的分子标记技术研究，构建了一批有应用价值的分离群体，获得了一批重要性状的分子标记或QTL；在国际上首次对黄瓜性别决定基因进行定位，构建了黄瓜欧亚生态型间的饱和永久分子图谱和大白菜分子连锁图谱；利用黄瓜白粉病分子标记技术对育种材料进行抗性鉴定和筛选，选出抗白粉病单株40余个。
    
　　建立了花生抗黄曲霉侵染的AFLP分子标记，两个AFLP标记与抗病基因间的遗传距离分别为3.5cM和9.4cM，并用于育种材料的抗性鉴定。建立了主要麻类作物（苎麻、红麻、亚麻）RAPD、SSR等分子标记技术，首次应用于麻类育种中。构建了谷子抗旱性、抗线虫病、抗黑穗病、抗锈病等重要农艺性状分子标记的分离群体和谷子标记图谱构建的RI群体；开发了谷子的一些SSR标记，并利用AFLP、ISSR和RAPD等对这些重要农艺性状进行分子标记。
    
　　首次发现了两个在抗病品系中稳定出现，可作为高粱抗丝黑穗病菌3号生理小种标记应用的SSR标记：Xtxp13和Xtxp145。首次建立马铃薯青枯病抗性双侧翼标记辅助选择技术，使抗病性鉴定与田间评价结果一致性达到95%以上。建立了主效QTL位点数和QTL位点数结合评价马铃薯晚疫病水平抗性的策略，探索了QTL的实际应用的有效途径。