申诉是指种子使用者因购买种子后发生争议，在与经营者协商得不到解决时，或者直接向有关行政主管部门或者种子经营单位的上级部门投诉，请求对种子经营单位的违法行为给予制裁，对造成的损失给以赔偿。申诉是一种高效、快速简便、力度强的争议处理方法。申诉把行政处理和纠纷处理有机的结合起来，具有一定的行政强制力，能够很好地保护种子使用者的权益。 

    各级种子管理部门是政府授权管理种子的专业部门，受理种子使用者对种子案件的投诉。种子管理部门的特点是：对种子管理法规熟悉，掌握农业生产的专业知识，对品种特性清楚，对种子质量纠纷的原因可以作出较准确的判断；同时拥有发放和吊销《种子经营许可证》和《种子生产许可证》的权利，对种子生产、经营单位具有较大的威慑力。此外，受理种子投诉的机关还有工商行政管理部门和技术监督部门等。